PCR板本身材质在当今主要以聚丙烯（PP）为主，能更好适应PCR反应过程中反复高低温设定，并且能够实现高温高压灭菌操作。为配合排枪、PCR仪等实现高通量操作，较常使用的为96孔或384孔的PCR板。板型符合SBS国际标准，且为适应不同厂家的PCR仪，根据裙边设计又可分为无裙边、半裙边、升裙边和全裙边四种设计模式。
由于存在杂质，会出现不正确的阳性或阴性结果，提供一套干净的设备，包括移液器和架子，专门用于PCR。在移液器、架子和长凳上使用漂白剂、乙醇来擦去污染物。为所有PCR反应分配预留空间，以进一步减少颗粒污染。在每一步都使用干净的手套并经常更换。
要避免PCR板与产品过载。尽管希望同时运行多个产品，但它会导致PCR板的交叉污染。用不同的产品使PCR板超载会浪费，并且很难确定样品。
在使用PCR板时，确认熔解曲线的分析具有重要意义，因为它是选择正确退火温度的良好指标。引物设计软件辅助设计，提供正确的退火温度，直接减少PCR板中的错误。
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